Xã Tân Yên được thành lập mới trên cơ sở sắp xếp toàn bộ diện tích tự nhiên, quy mô dân số của thị trấn Cao Thượng và các xã Cao Xá, Việt Lập, Ngọc Lý tại Nghị quyết số 1658/NQ-UBTVQH15 ngày 16/6/2025 của Ủy ban thường vụ quốc hội về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh Bắc Ninh năm 2025. Bộ máy chính quyền mới đi vào hoạt động kể từ ngày 01/7/2025.
Xã Tân Yên có tổng số diện tích tự nhiên là 48,13km2, quy mô dân số 51.255 người; gồm 76 thôn, tổ dân phố. Ngày 05/8/2025 HĐND xã Tân Yên ban hành Nghị quyết số 09/NQ-HĐND về việc chuyển đổi 26 tổ dân phố (thuộc thị trấn Cao Thượng cũ) thành 26 thôn và đổi tên của 3 thôn của xã Tân Yên, gồm: Thôn Tân Lập (xã Ngọc Lý cũ) thành thôn Tân Lập Ngọc Lý; thôn Tân Lập (thị trấn Cao Thượng cũ) thành thôn Tân Lập Cao Thượng và Thôn Chợ (thị trấn Cao Thượng cũ) thành Thôn Chợ Mọc. Đến nay, toàn xã có 76 thôn.
